南京地铁一号线于2005年9月3日试运行，一年后转入正式运营。二号线业已动工。根据最新规划，到2050年南京市的轨道交通线网将由10条地铁线、4条轻轨线构成共计655公里的网络。根据规划，南京未来市内交通主要靠地铁，以维持2020年将达1060万的城市人口。
1号线
奥体中心站、元通站、中胜站、小行站、安德门站、中华门站、三山街站、张府园站、新街口站、珠江路站、鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站、红山动物园站、迈皋桥站
1号线南延线（2010年5月1日通车）
安德门、天隆寺站、宁南大道站、花神庙站、高铁南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、百家湖站、小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、经贸学院站、南京交院站、中国药大站。
2号线（2010年5月1日通车）
油坊桥、雨润大街、元通站、奥体东站、兴隆大街、集庆门大街站、云锦路、莫愁湖站、汉中路站、上海路站、新街口站、大行宫站、西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站。
2号线东延线（2010年5月1日通车）
马群站 、金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站。
