南京南站现在已经全面的通车了，但是还有很多的设施没有建好，存在了很多的缺陷。看南京上周也去过一次南京南站，真的感觉很不方便，是去送朋友的，本来以为动车都是从南京站发出的，谁知道买完票之后售票员告诉我们说，要到南京南站去乘车。第二天一早上就去了，真的感觉特不用方便，从南京站乘地铁还要乘个半小时，最终还是差了2分钟，到的时候列车已经开走了。感觉很不方便。
前几天，一位旅客跑到南京南站去等G7065次列车，却不知这次列车是南京站始发的，他发现后赶紧坐地铁赶往南京站，累得满头大汗，总算没误车。这位险些迟到的旅客所购买的G7065车票上，明确标明：“南京——常州”字样。而他却以为，G字头的车次都在南京南站发车，误把车票上的“南京”理解为南京这一城市地点，而非南京站，这才有了之前奔波的辛苦。记者了解到，不光这位中年旅客遇到过这种情况，很多市民也常会跑错车站，时间来不及，赶不上车是常有的事。看南京特别提醒，南京站和南京南站均有G字头列车始发，高铁车票上的“南京”字样意为在南京站等候上车，而在南京南站等候上车的高铁车票会注明“南京南”字样。
还存在的一个缺陷是的士难打，厕所难找。很多乘客都认为出租车上客区太难找，厕所太难找，部分设施还没有投入使用。
